Parafia pod wezwaniem św. Andrzeja Boboli w Rogoźniku erygowana została dnia 16 maja 1971 roku. Została ona wydzielona z parafii w Ludźmierzu i dołączono do niej część Starego Bystrego, należącego do parafii w Czarnym Dunajcu. Pierwszym jej proboszczem mianowany został ks. Czesław Jurczyk. Z inicjatywą budowy kościoła wystąpił jeszcze przed II wojną światową Wojciech „Graniczny”, który dysponował pewną kwotą pieniędzy. Gdy realizacja jego planów nie okazała się możliwa wybudował w zamian dwie kapliczki przydrożne w Rogoźniku. Kontynuatorką jego poczynań była już po wojnie — Katarzyna Panek która oddała grunt pod kościół . Grunt pod plebanię przekazał nieodpłatnie Jan Kwak ” Witan “. Projekt kościoła opracował inż. Andrzej Radnicki z Krakowa. Dnia l6 sierpnia 1959 roku kamień węgielny poświęcił ks. Józef Dyba proboszcz i dziekan nowotarski. Budowa została ukończona w roku l963. Konsekracji kościoła dokonał dnia 22 sierpnia 1965 roku biskup sufragan krakowski Julian Groblicki. 

Pierwszym duszpasterzem, który zamieszkał w Rogoźniku, był dotychczasowy wikariusz ludźmierski ks. Stanisław Nowak, który pełnił funkcje do 30 maja 1962 roku, później został mianowany Ojcem Duchownym w Wyższym Seminarium Duchownym w Krakowie. roku 1984 przyjął on świecenia biskupie , a następnie został arcybiskupem częstochowskim. 

Do budowy kościoła w Rogoźniku użyto drewna oraz kamienia pochodzącego z niedalekich kamieniołomów. U fasady wznosi się wieża, dach nawy głównej wieńczy zaś wieżyczka stylizowana na sygnaturkę. Bryła zewnętrzna kościoła , a w szczególności wieża, nawiązuje swoim stylem do drewnianej architektury sakralnej. Wnętrze kościoła jest bogato zdobione. Parafia św. Andrzeja Boboli w Rogoźniku obejmuje wieś i część Starego Bystrego. Pierwszy proboszcz ks. Czesław Jurczyk wybudował w parafii plebanię, w roku 1976 wolno stojącą dzwonnicę o charakterze obronnym, przywodząca na myśl budowle sakralne sprzed kilku stuleci. Stacje Drogi Krzyżowej wykonał artysta-samouk Józef Janos z Dębna. W roku 1992 proboszczem mianowany został ks. Mieczysław Zoń, przybyły tu z probostwa w Kacwinie, a rodem z Dębna. W roku 1997 dobudowano wieżę do kościoła parafialnego. W roku 2005 proboszczem parafii zostaje ks. Andrzej Bukalski. W dniu 16 maja 2009 r. Parafia w Rogoźniku obchodziła 50 rocznicę wmurowania kamienia węgielnego pod budowę kościoła parafialnego. Z tej okazji do Rogoźnika przybył J. E. Ks. Kardynał Stanisław Dziwisz Metropolita Krakowski. O godz.11.00 rozpoczęła się uroczysta suma odpustowa której przewodniczył Kardynał Stanisław Dziwisz. W trakcie mszy świętej młodzież otrzymała sakrament Bierzmowania. Pod koniec mszy świętej została poświęcona tablica upamiętniająca to wielkie wydarzenie. 

10 czerwca 2012 przybył do naszej parafii obraz Jezusa Miłosiernego wraz z relikwiami św. Faustyny i bł. Jana Pawła II. Obraz ten i relikwie peregrynują od października 2011 r. po wszystkich parafiach w Archidiecezji Krakowskiej. Peregrynacja obrazu i relikwii odbywa się pod hasłem: “Miłosierdzie źródłem nadziei”. Peregrynacja Obrazu Jezusa Miłosiernego i relikwii św. Faustyny i bł. Jana Pawła II w parafii pod wezwaniem św. Andrzeja Boboli w Rogoźniku rozpoczęła się 10 czerwca o godzinie 16:20 uroczystą procesją, w kierunku kapliczki na granicy ze Sterem Bystrem , na miejsce odbioru obrazu i relikwii przywiezionych przez samochód-kaplicę z parafii w Pyzówce. Na miejscu obraz został powitany poprzez ucałowanie jego ram przez księdza proboszcza oraz JE ks. bpa Jana Szkodonia. Po tym relikwie św. Faustyny i bł. Jana Pawła II zostały przekazane przedstawicielom młodzieży i rodzin naszej parafii. Następnie procesja składająca się z: ministrantów, księży dekanatu Nowy Targ , scholi, dzieci komunijnych, dziewcząt niosących feretrony, pocztów sztandarowych z : OSP Rogoźnik , szkół z Rogoźnika i Starego Bystrego , Związku Podhalan ze Starego Bystrego i bardzo licznych wiernych uroczyście weszła do kościoła, gdzie odbywały się główne nabożeństwa związane z nawiedzeniem. Uroczystej procesji towarzyszyła również banderia konna .Na pożegnanie obrazu 11 czerwca o godz. 15:30 została odprawiona Mszę św., w czasie której dokonano aktu zawierzenia parafii Miłosierdziu Bożemu. Następnie obraz został umieszczony w samochodzie-kaplicy i wyruszył w drogę do parafii w Ludźmierzu.
31 marca 2014 r. w Mizernej odbył się pogrzeb ks. Prałata Mieczysława Zonia , byłego Proboszcza Parafii Rogoźnik. Zmarł w czwartek 27 marca, po długiej i ciężkiej chorobie. Miał 85 lat. Z wielkimi honorami górale pożegnali ks.Mieczysława Zonia. Mszał, kielich i stuła były bardzo wymownymi symbolami umieszczonymi na trumnie. Ciało zmarłego ks.Mieczysława Zonia górale wieźli z kościoła na cmentarz zaprzęgiem konnym w asyście banderii konnej. Uroczystościom pogrzebowym przewodniczył bp Jan Zając. Dzień wcześniej mszę wprowadzenia do kościoła (importa) odprawiło 40 kapłanów pod przewodnictwem ks. biskupa Jana Szkodonia. Podziękowania za służbę kapłańską przysłali kardynałowie: Stanisława Dziwisz oraz Kazimierz Nycz z archidiecezji warszawskiej. Na ostatnie pożegnanie ks. Mieczysława Zonia przybyło również bardzo wielu kapłanów. Obecne były delegacje i poczty sztandarowe różnych organizacji , OSP, kapela góralska, orkiestra dęta, bandera konna. W uroczystościach wzięli udział bardzo licznie mieszkańcy Parafii Rogoźnik , gdzie w latach 1992 -2005 pasterzował jako Proboszcz. Podczas uroczystej Mszy Św. Proboszcz Parafii Rogoźnik ks. Andrzej Bukalski oraz przedstawiciel Rady Parafialnej Adam Hajnos podziękowali zmarłemu Proboszczowi za długie lata swojej posługi w Rogoźniku. Przy dźwiękach marsza pogrzebowego orkiestr dętych z Maniów i Kacwina, oraz góralskich nut , jak przystało na wielkiego człowieka trumnę z ciałem śp. ks. Mieczysława przewieziono paradnym konnym góralskim powozem przy niezliczonej ilości księży i wiernych. Na miejscowym cmentarzu uroczyście pochowano w grobowcu śp. ks. kanonika Mieczysława Zonia, w pięknej podhalańskiej ziemi z widokiem na Tatry.
Przed Świętami Wielkanocnymi 2014 r. zakończone zostały prace budowlane parkingu przy kościele parafialnym. Kostkę brukową na parking sponsorowali rodacy skupieni w Klubie Parafii Św. Andrzeja Boboli Rogoźnik – Stare Bystre w Chicago , natomiast pozostałe prace pokryli parafianie . Na wiosnę 2015 r. na placu przy parkingu parafialnym wybudowana została kapliczka Św.Krzysztofa. Wykonawcą tej kapliczki jest pan Gabriel Szyrszeń z Nowego Targu. Sponsorem kapliczki był Klub Parafii Św. Andrzeja Boboli Rogoźnik – Stare Bystre w Chicago.

12 grudnia 2021 r. w trzecią niedzielę Adwentu, w niedzielę radości odszedł do Domu Ojca, przeżywszy 86 lat – J. E. Ks. Abp Stanisław Nowak biskup senior archidiecezji częstochowskiej, ale też były wikariusz parafii ludźmierskiej, tworzący parafię w Rogoźniku. Uroczystości pogrzebowe odbyły się w piątek 17 grudnia na Jasnej Górze, po czym przewieziono ciało zmarłego do Bazylika Archikatedralnej, gdzie w sobotę 18 grudnia się zakończyły. Przedstawiciele Parafii Rogoźnik z Proboszczem ks. Andrzejem Bukalskim , sołtysem Rogoźnika Kazimierzem Zubkiem , sztandarami : Szkoły Podstawowej im. ks. prof. Józefa Tischnera z Rogoźnika , OSP Rogoźnik , Związku Podhalan ze Starego Bystrego oraz delegacja z wieńcem towarzyszyli w ostatniej drodze z Bazyliki Archikatedralnej w Częstochowie do krypty biskupów.

Dnia 09 lipca 2023 r. o godz. 10.30 w kościele parafialnym p.w. Św. Andrzeja Boboli w Rogoźniku został poświęcony nowy drewniany krzyż z wizerunkiem ukrzyżowanego Pana Jezusa. Nowy krzyż został umiejscowiony za głównym ołtarzem kościoła. Stary granitowy krzyż został zdemontowany.  Krzyż został wykonany z drzewa cedrowego sprowadzonego z USA, natomiast rzeźba ukrzyżowanego Pana Jezusa  została wyrzeźbiona przez Pana Andrzeja Bukowskiego „ Polaniorza „ z Kościeliska w drzewie lipowym, ściętym w latach poprzednich na terenie sanktuarium w Ludźmierzu. Sponsorem tego całego przedsięwzięcia byli Państwo Władysława i Roman Tylka „ Matuski „ przebywający aktualnie w Chicago. W uroczystości poświecenia krzyża uczestniczyli licznie parafianie oraz  sponsorzy Władysława i Roman Tylka „ Matuski „ , autor rzeźby ukrzyżowanego Chrystusa  Andrzej Bukowski „ Polaniorz „ oraz osoby które pomogły zdemontować stary krzyż i powiesić nowy. Po Mszy Świętej wszystkie te osoby spotkały się na plebani, zaproszone i ugoszczone przez proboszcza parafii ks. Andrzeja Bukalskiego.

Dnia 16 marca 2024 r. na Stole Ofiarnym ołtarza głównego w kościele parafialnym w Rogoźniku została zamontowana płaskorzeźba ” Ostatnia Wieczerza ” wyrzeźbiona w drzewie przez Pana Andrzeja Bukowskiego ” Polaniorza ” z Kościeliska. Ukazuje scenę ostatniego wspólnego posiłku Chrystusa z apostołami przed pojmaniem na Górze Oliwnej i ukrzyżowaniem. Sponsorem płaskorzeźby był Pan Stanisław Zarycki ” Bułka ” ze Starego Bystrego przebywający w Stanach Zjednoczonych.